A Nemzetközi Természetvédelmi Világszövetség (IUCN) 1968-ban állt elő a természeti értékek védelmét célzó akciótervével, amely pár évvel később az ENSZ hivatalos programja lett. (Az ENSZ 1972-es stockholmi konferenciáján a résztvevő államok egyhangúlag döntöttek, az UNESCO azévi közgyűlése pedig el is fogadta a világ kulturális és természeti örökségének védelméről szóló egyezményt.)

A turizmust kiemelt népgazdasági ágazatként kezelő Magyarországon ennek hatására – az akkor elsősorban erdészek által felismert természetvédelmi  irányelvek mentén – 1971-ben kormányrendelet született az országos jelentőségű természeti értékek védelméről. A felügyeletet a közvetlenül a Minisztertanács alá rendelt Országos Természetvédelmi Hivatal (OTvH) látta el, amelynek élére 1972-ben nevezték ki Rakonczayt. Bár az előkészítés már zajlott, a Hortobágyi Nemzeti Park 1973-as megnyitása így neki is köszönhető. Ahogy a ma már Magyar Madártani és Természetvédelmi Egyesületként ismert madártani egyesület 1974-es megalapítása is, amelynek bejegyzését ő járta ki a Minisztertanácsnál.

Rakonczay elnökségének második évében 96 gerinces állatfaj (48 emlős, 18 hal, 15–15 hüllő és kétéltű) került országos védelem alá – a nemzetközi gyakorlatnak megfelelően pénzben is meghatározva az így már korántsem csupán eszmei értéküket. Egy évvel később, 1975-ben a Duna–Tisza közén megalakult a Kiskunsági Nemzeti Park, az OTvH pedig a hatékonyság jegyében ésszerűsítette a természetvédelmi kategóriákat, országos és helyi jelentőségűekre osztva az természeti értékeket. Ugyanebben az évben létrejött a speciális törődést igénylő barlangoknak szentelt Barlangtani Intézet. 

Rakonczay vezetésével készült el az az irányaiban máig érvényes 15 évre szóló távlati program is, amely az 1970-es évek közepén meglévő védett területek megötszörözését irányozta elő 1990-re. A két évvel később alapított Bükki Nemzeti Park mellett az évtized végére harmincnál is több tájvédelmi körzet, közel száz országos és félezer helyi jelentőségű természetvédelmi terület létesült az országban 450 ezer hektáron; a természetvédelem fennhatósága így az ország területének 5 százalékára terjedt ki.

Annyira jól csinálta a dolgát, hogy lefokozták

A természetvédelmi fejlesztések, elsősorban a védetté nyilvánitási hullám annyira jól sikerültek, hogy a Kádár-rezsim ismert logikája szerint átszervezéssel húzta be a féket a robogó vonaton. Az Országos Környezet- és Természetvédelmi Hivatallá bővített OTvH élére egy megbízhatóbb elvtársat neveztek ki, Rakonczay 1979-től a hivatal második embereként intézhette a természetvédelemmel kapcsolatos ügyeket. Addigra viszont kiépültek a struktúrák, a tervgazdaságban pedig a már elfogadott tervekben kijelölt irányban haladtak a folyamatok: 1982-ben természetvédelmi bírság kirovására kaptak jogosítványt a széles hatáskörű természetvédelmi szolgálatok, ezzel a magyarországi természetvédelem elérte a nagykorúság határát. 

Három évre rá nemzeti parkká léptették elő az Aggteleki Tájvédelmi Körzetet, 1987-ben pedig megalakult a Környezetvédelmi és Vízgazdálkodási Minisztérium (KVVM), amelynek természetvédelmi főosztályát Rakonczayra bízták. Az 1991-ben megnyíló Fertő-Hanság Nemzeti Park előkészítését így 1990-es nyugdíjazásáig miniszterhelyettesként vezényelhette. 

Nyugdíjazásának körülményeiről Rakonczay a 2006-ban megjelent Gyökerek és lombok – Erdészportrék című interjúkötetben bővebben is beszámolt. Eszerint 1989 végén Maróthy László miniszter – a természetvédőnek az utolsó november 7-i ünnepségen elmondott, Vlagyimir Iljics Lenint csak egy kaukázusi tiszafa-matuzsálem oltalmázása miatt dícsérő beszéde után – felkérte ugyan arra, hogy adja be nyugdíjkérelmét, ám ennek az erdőmérnök nem tett eleget. 

Már csak azért sem, mert nem sokkal később életveszélyes autóbalesetet szenvedett. Felmondólevelét végül korábbi sofőrje adta át neki, a rendszerváltozás hónapjaiban a minisztériumban ugyanis elfelejtették postára adni.

1992 és 1996 között a soproni Erdészeti és Faipari Egyetem Erdőmérnöki Karán egyetemi docensként a környezetvédelmi tanszék vezetője volt, de tanított a keszthelyi agráregyetemen és az ELTE több karán is. Ezután kérték fel arra, hogy a földkárpótlással magánkézbe került természeti területek állami birtokbavételét miniszteri biztosként irányítsa. A több, mint 100 ezer hektár védetté nyílvánítása után, az 1998-ban hatalomra kerülő új kormánykoalíció kisgazda minisztere  mentette fel 1999-ben. 
Ennek ellenére Rakonczay, bár csak közvetve, de a fennmaradó öt nemzeti park létrehozásában is kulcsszerepet játszott.
1993-ban kapott Pro Natura díjat. Háromszáznál is több szakmai tanulmánya, több tucat kötetete ma is az egyetemi ajánlott irodalom része - írta a Qubit.